Index

_

__getitem__() (giatools.image_processor.ProcessorIteration method)

__setitem__() (giatools.image_processor.ProcessorIteration method) __str__() (giatools.metadata.Metadata method)

A

add_input_image() (giatools.cli.ToolBaseplate method) (giatools.ToolBaseplate method) add_output_image() (giatools.cli.ToolBaseplate method) (giatools.ToolBaseplate method) apply_output_dtype_hint() (in module giatools.image_processor)

args (giatools.cli.ToolBaseplate attribute) (giatools.ToolBaseplate attribute) astype() (giatools.Image method) (giatools.image.Image method) axes (giatools.Image attribute) (giatools.image.Image attribute)

B

backends (in module giatools.io)

C

clip_to_dtype() (giatools.Image method) (giatools.image.Image method) convert_image_to_format_of() (in module giatools.util) CorruptFileError

create_output_image() (giatools.image_processor.ImageProcessor method) (giatools.ImageProcessor method) create_processor() (giatools.cli.ToolBaseplate method) (giatools.ToolBaseplate method)

D

data (giatools.Image attribute) (giatools.image.Image attribute)

DataFrame (class in giatools.pandas) default_normalized_axes (in module giatools.image) distance_to_external_frame() (in module giatools.util)

F

filepath (giatools.io.CorruptFileError attribute) (giatools.io.IncompatibleDataError attribute) (giatools.io.UnsupportedFileError attribute)

find_column() (in module giatools.pandas)

G

get_anisotropy() (giatools.Image method) (giatools.image.Image method) giatools module giatools.cli module giatools.image module giatools.image_processor module

giatools.io module giatools.metadata module giatools.pandas module giatools.util module

I

Image (class in giatools) (class in giatools.image) image0 (giatools.image_processor.ImageProcessor attribute) (giatools.ImageProcessor attribute) ImageProcessor (class in giatools) (class in giatools.image_processor) imreadraw() (in module giatools.io)

imwrite() (in module giatools.io) IncompatibleDataError input_keys (giatools.cli.ToolBaseplate attribute) (giatools.ToolBaseplate attribute) inputs (giatools.image_processor.ImageProcessor attribute) (giatools.ImageProcessor attribute) iterate_jointly() (giatools.Image method) (giatools.image.Image method)

J

joint_axes (giatools.image_processor.ProcessorIteration attribute)

M

Metadata (class in giatools.metadata) metadata (giatools.Image attribute) (giatools.image.Image attribute) module giatools giatools.cli giatools.image giatools.image_processor giatools.io giatools.metadata giatools.pandas giatools.util

move_char() (in module giatools.util)

N

normalize_axes_like() (giatools.Image method) (giatools.image.Image method)

O

original_axes (giatools.Image attribute) (giatools.image.Image attribute) original_shape (giatools.Image property) (giatools.image.Image property)

output_keys (giatools.cli.ToolBaseplate attribute) (giatools.ToolBaseplate attribute) outputs (giatools.image_processor.ImageProcessor attribute) (giatools.ImageProcessor attribute)

P

parse_args() (giatools.cli.ToolBaseplate method) (giatools.ToolBaseplate method) peek_num_images_in_file() (in module giatools.io) pixel_size (giatools.metadata.Metadata property)

process() (giatools.image_processor.ImageProcessor method) (giatools.ImageProcessor method) processor (giatools.cli.ToolBaseplate attribute) (giatools.ToolBaseplate attribute) ProcessorIteration (class in giatools.image_processor)

R

read() (giatools.Image static method) (giatools.image.Image static method) reorder_axes_like() (giatools.Image method) (giatools.image.Image method)

require_backend() (in module giatools) resolution (giatools.metadata.Metadata attribute) run() (giatools.cli.ToolBaseplate method) (giatools.ToolBaseplate method)

S

shape (giatools.Image property) (giatools.image.Image property) silent() (in module giatools.util) squeeze() (giatools.Image method) (giatools.image.Image method)

squeeze_like() (giatools.Image method) (giatools.image.Image method) str_without_positions() (in module giatools.util)

T

ToolBaseplate (class in giatools) (class in giatools.cli)

U

unit (giatools.metadata.Metadata attribute)

Unit (in module giatools.metadata) UnsupportedFileError

V

VERSION (in module giatools)

W

write() (giatools.Image method) (giatools.image.Image method)

write_output_images() (giatools.cli.ToolBaseplate method) (giatools.ToolBaseplate method)

Z

z_position (giatools.metadata.Metadata attribute)

z_spacing (giatools.metadata.Metadata attribute)